Iniziate preparando la pasta choux. Mettete in un pentolino antiaderente acqua, burro e sale e fate spiccare il bollore; a questo punto abbassate la fiamma, aggiungete la farina e tenete sul fuoco per qualche minuto, mescolando con un mestolo di legno, finchè il composto non sarà omogeneo e sul fondo della pentola sarà comparsa una patina bianca.Fate intiepidire leggermente e poi incorporate un uovo alla volta (non aggiungete il successivo finchè il precedente non si è amalgamato del tutto). Se avete una planetaria vi consiglio di utilizzare quella, con il gancio a foglia. Una volta ottenuto un impasto liscio e lucido, inseritelo nella sac a poche con bocchetta liscia e formate i bignè su una teglia antiaderente o una leccarda rivestita con apposito tappetino in silicone.Infornate a 180° per 30/35'; se non riuscite a infornare tutti i bignè insieme non preoccupatevi: potete lasciare la pasta choux a temperatura ambiente e cuocerla in un secondo turno, non si rovinerà.
Preparate poi la crema pasticcera: sbattete i tuorli con lo zucchero e la farina (o la maizena), aggiungete il latte caldo e l'estratto di vaniglia; fate addensare sul fuoco a fiamma dolce mescolando continuamente, poi lasciate freddare la crema, coperta con pellicola a contatto. A parte montate la panna con lo zucchero a velo; poi incorporate la crema ben fredda e utilizzate la chantilly per farcire i bignè, una volta che saranno a temperatura ambiente.
Per la glassa fate fondere il cioccolato a fiamma dolce con il burro e l'acqua, e finché il composto sarà caldo, glassate i bignè utilizzando la glassa stessa come collante; disponeteli nei piatto di portata, uno sull'atro, a formare una torretta.